Entre 1824 y 1842 tuvo su residencia en este territorio el monarca miskito Robert Charles Fredrick. En 1860 fue creada la Reserva de la Mosquitia en la Costa Atlántica de Nicaragua, por un acuerdo entre los gobiernos inglés y norteamericano en el cual nuestro país no tuvo parte, y LAGUNA DE PERLAS quedó integrada en el territorio de la misma, considerándosele su segunda ciudad por su importancia.

En 1894 el gobierno de Nicaragua incorporó esa Reserva al territorio nacional, extinguiendo la monarquía miskita, y LAGUNA DE PERLAS pasó a formar parte del Departamento de Zelaya, pero aun después de la decadencia de su reinado, los jefes miskitos siguieron prefiriendo LAGUNA DE PERLAS como lugar de residencia.

En un primer momento de su historia, LAGUNA DE PERLAS fue un centro comercial de cierta importancia, lo que se combinaba con la agricultura y la pesca como fuentes de subsistencia de la población. Sin embargo, en la medida en que la segunda actividad citada se expandió como consecuencia del inicio de las exportaciones del producto, la agricultura fue relegada hasta la llegada de colonos mestizos del Pacífico y el interior del país, a mediados del siglo XX.

Como municipio, LAGUNA DE PERLAS debe su nombre a la laguna del mismo nombre, situada aproximadamente en el centro del territorio y que es su principal fuente de subsistencia. Este nombre de la laguna a su vez deriva de los Cayos Perlas, pertenecientes al municipio y que ya en 1776 eran denominados así por los conquistadores europeos.

La actual población de la Costa Atlántica de Nicaragua está formada por descendientes de casi todos los grupos raciales del planeta: nativos americanos, españoles, norte europeos, africanos e incluso chinos.

Los primeros habitantes eran descendientes de los grupos chibchas (familia macro-chibcha) que vinieron de México luego de separarse hace 6000 u 8000 años del tronco común chibcha-uto-azteca. En su lento avance hacia el sur, estos grupos se subdividieron dando origen a muchas de las diferentes tribus encontradas por los europeos en el siglo XVI en el centro y oriente de Nicaragua: matagalpas, tuakas (o twahkas), panamakas, bahuikas (bawihkas o tawiras), prinsus, yuskus (yoskas o yaoskas), ulúas (wulvas o ulwas), kukras y ramas.

Estudios lingüísticos y arqueológicos indican que del grupo chibcha originario se desagregaron en forma sucesiva:

• Los jicaques, de Honduras
• Los guatusos, de Costa Rica
• Los payas, de Honduras
• Los muiscas, de Costa Rica y Colombia
• Los ramas, del Sur de Nicaragua y Norte de Costa Rica
• Los cacaoperas, del lado oriental de El Salvador (hace unos 4500 años)
• Los matagalpas, del Centro y Norte de Nicaragua y parte de Honduras (hace unos 4000 años)
• Los ulúas, (de los que descienden los actuales sumus y miskitos)
• Los proto-miskitos, (antepasados de los bawihkas o tawiras, que hace unos 2000 años se habrían separado de la familia sumu-ulúa).

Al penúltimo grupo (ulúa) pertenecen la mayoría de los grupos indígenas de la Costa Atlántica, a excepción de los ramas. Los ulúas están emparentados lingüísticamente con los matagalpas formando una familia que Barbara Grimes denominó "misumalpan", de la que derivaron las lenguas cacaopera, matagalpa, ulwa, twahkas, panamaka y miskito.